Grey Goo to strategia czasu rzeczywistego (RTS – Real-Time Strategy), w której trzy wyjątkowe frakcje walczą między sobą o przetrwanie. Akcja gry toczy się na fikcyjnej planecie o nazwie Ecosystem 9, a kampania opowiada dzieje trzech frakcji, pierwszego kontaktu między nimi i walki o warunki współistnienia.